Если антисептирование происходит внутри предприятия по нашим заявкам, т.е. для себя делаем заявки и акт, каким образом это корректно оформить, чтобы транспорт не задержали?
Вы можете назначить себя и исполнителем, и заказчиком, и отправителем, и получателем — у вас не должно возникнуть никаких проблем с этим в программе. В подкарантинный объект вносятся склады и вагоны и т.п., все остальное вносится в подкарантинную продукцию.